לשם ביצוע השלמת ההכנה הביתית המועטה (הכוללת נטילת 3 גלולות לקסטיב ערב יום הבדיקה) מוכנס שרוול עדין מיוחד לתוך המעי, המכניס ומוציא במקביל מים חמימים ששוטפים את המעי.  התהליך נמשך כ 20 – 30 דקות עד שרמת הנקיון משביעת רצון.

עם השלמת תהליך הניקוי מוכנס קולונוסקופ סטנדרטי שמבצע את בדיקת הקולונוסקופיה הרגילה, מזהה נגעים (פוליפים, דלקות וכו') ומבצע פרוצדורות
(כריתת פוליפים, לקיחת ביופסיות).